1404 findet sich die erste urkundliche Erwähnung einer kleinen Kirche, die bereits dem hl. Erhard, dem Patron der Armen und Kranken geweiht war. Diese gotische Kapelle gehörte dem Benediktinen Frauenstift Nonnberg und wurde als Spitalskirche für das angrenzende „Siechenhaus für weibliche Klosterangehörige sowie für Pest- und Aussatzkranke“ genutzt, das bereits 1310 errichtet worden war.
1603 erwarb Erzbischof Wolf Dietrich von Raitenau vom Stift Nonnberg Kapelle und Siechenhaus und schenkte sie dem Domkapitel als Ersatz für das Domkapitelspital „St. Johannes im Stubenberg“ im Kaiviertel (Spital und Altersheim für die alten Dienstboten des Domkapitels), das er hatte abreißen lassen.
1685-1689 erfolgte ein kompletter Neubau der Kirche durch das Domkapitel. Erzbischof Max Gandolf von Kuenburg beauftragte den jungen, erst 18-jährigen (!), italienischen Architekten Giovanni Gaspare Zuccalli, mit der Planung und Bauleitung. Dieser baute fast zeitgleich an seinem zweiten Sakralbau, der heutigen Kajetanerkirche.
Am 3. Mai 1689 erfolgte die Weihe der barocken Kirche durch Erzbischof Johann Ernst Graf von Thun und Hohenstein.
1727 wurde vor der Kirche ein eigener Friedhof errichtet, der jedoch 1903 aufgelassen wurde. Das Friedhofskreuz am Erhardplatz erinnert noch daran.
1853 wurde die Kirche zur Stadtpfarrkirche erhoben und ist heute im Eigentum der Stadtgemeinde Salzburg. Nach Auflösung des fürsterzbischöflichen Domkapitels am Beginn des 19. Jahrhunderts war die frühere Spitalskirche in den Besitz der Stadt übergegangen.
1976 begannen die sehr umfangreichen Renovierungsarbeiten. Die Arbeiten konnten im Jubiläumsjahr 1989 mit einer feierlichen Wiedereröffnung der Kirche anlässlich des 300jährigen Bestehens des Gotteshauses erfolgreich abgeschlossen werden.
(vgl. Mag. Reinhard Weidl, Stadtpfarrkirche zum hl. Erhard. Christliche Kunststätten Österreichs, Nr. 180, Verlag St. Peter, Salzburg, 1990, S. 15)