1483 entdeckt der portugiesische Seefahrer Diego Cão die Kongomündung. König Nzinga a Nkuwu und sein Hofstaat lassen sich 1491 taufen. Sein Sohn wird 1506 als Afonso I. der erste christliche König des Kongo.Das Missionsschiff „Bamanya St. Josef“ erreichte 1914 den Ort Ikela. Die Trappisten bauten dann in der Nähe von Yalusaka die erste Kirche auf dem Gebiet der heutigen Diözese Bokungu-Ikela (Provinz Équateur). Damit begann die Evangelisierung in der „Tshuapa-Mission“, die 10 Jahre später belgische Herz-Jesu-Missionare weiterführten. 1955 wurde den Herz-Jesu-Missionaren der süddeutsch-österreichischen Provinz der östliche Teil des Apostolischen Vikariats Coquilhatville (heute: Mbandaka) anvertraut. Drei Jahre später reisten die Missionarinnen Christi und 1963 die Barmherzigen Schwestern in die Region.
1961 kam es zur Errichtung der Diözese Ikela und Josef Weigl MSC wurde ihr erster Bischof. Nach der sogenannten „Simba-Revolution“ 1964/65 wurde der Bischofssitz nach Bokungu verlegt und seit 1967 heißt die Diözese Bokungu-Ikela. 1980 wurde Joseph Kumuondala zuerst zum Weihbischof und 1982 zum ersten einheimischen Bischof der Diözese ernannt.
Die Diözese ist auch heute noch schwer zugänglich: mit dem Flugzeug oder mit dem Schiff.
Am 30. Juni 1960 wurde Belgisch-Kongo unabhängig und zur Republik Kongo. Von 1971 bis 1997 trug der Staat den Namen Republik Zaïre und danach Demokratische Republik Kongo. 1996/97 und von 1998 bis 2003 wurde die Bevölkerung – auch in der Partnerdiözese – sehr stark von Kriegswirren und Plünderungen heimgesucht. Die kath. Kirche unterstützt aktiv den Friedens- und Versöhnungsprozess im gesamten Land und in der Region um die großen Seen.
Seit 2019 leitet Bischof Toussaint Iluku Bolumbu die Salzburger Partnerdiözese Bokungu-Ikela. Er ist der 5. Bischof der Diözese.
Mehr Infos: