Das Gebäude des heutigen Priesterseminars wurde in den Jahren 1694 bis 1699 im Auftrag des Salzburger Erzbischofs Johann Ernst Graf Thun errichtet. Die Pläne zu diesem Bau lieferte der spätere kaiserliche Hofarchitekt Johann Bernhard Fischer von Erlach. Die feierliche Kirchweihe erfolgte am 14.6.1699 durch Bischof Sigmund Carl Graf Castell-Barco von Chiemsee.
Bauliche Veränderungen am Äußeren der Seminarkirche wurden in den Jahren 1757 bzw. nach 1818 durchgeführt, in denen die Türme ihre heutige Gestalt erhielten. In den Jahren 1984 bis 1989 erfolgten umfangreiche Umbau- bzw. Restaurierungsarbeiten, in deren Folge das Dachbodengeschoss ausgebaut und die Dreifaltigkeitskirche total saniert wurde. Zum 300-Jahr Jubiläum erhielt die Kirche 1999 ein Geläut mit drei Glocken.
1563: Konzil von Trient, die Einrichtung von Diözesanseminaren wird beschlossen
um 1580: Einrichtung eines ersten Priesterseminars im Kaiviertel
1617: Übersiedelung in das Studiengebäude der Benediktiner (heute theologische Fakultät)
1624: Transfer in das Gstättenviertel (Vorgängerbau der heutigen Markuskirche samt Klosteranbauten)
1669: Beim großen Bergsturz in der Gstätten wird auch das Priesterseminar zerstört. Fast 30 im Seminar lebende Personen fanden den Tod. Die Überlebenden wohnten nun wieder im Bereich der Benediktineruniversität.
1699: Kirchweihfest am 14. Juni und feierliche Eröffnung des Priesterseminars.
1800: Während der französischen Besatzung muss das Seminar geräumt werden und wird unter anderem als Lazarett und Depot verwendet.
1818: Beim großen Stadtbrand wird ein Teil das Seminars und die Dreifaltigkeitskirche beschädigt.
1941: Schließung des Priesterseminars durch die Geheime Staatspolizei.
1945: Wiedereröffnung nach dem II. Weltkrieg. In den folgenden Jahren setzten umfassende
Renovierungsarbeiten ein, die 1956 großteils abgeschlossen werden.
1971: Einzug der Kärntner Theologen ins Seminar. Es diente bis 1995 zwei Diözesen, Salzburg und Gurk-Klagenfurt, als Ausbildungs- und Wohnstätte.
1989: Nach langjährigen Bauarbeiten wird die Dreifaltigkeitskirche wieder eröffnet.
1999: Die Türme der Kirche erhalten ein Geläut.
2010-2012: Generalsanierung des Priesterhauses
(Pfarrer MMMag. Roland Kerschbaum)